他并不是要借此来参与理学和心学的道德本原之争，而是强调作为一种认识形式和认知能力的理，并不承载价值。
《胠箧》篇对仁义、圣人，对知的批判，都更为激烈，直接以巨盗、大盗为批判对象，锋芒所指乃在于如田成子之窃国为诸侯者也，对社会的决绝感更为深重，并认为天下大乱乃上好知之过。这一看法在古代有其代表性，历代解《庄》者中，就多有以儒释《庄》者。
由于儒家思想的大举进入，于是产生了一个与《杂篇》中不绝如缕地持续进行着的吸收并改造儒家思想的个别概念相反的动向，这便是庄子学派概念的儒家化。彼正而蒙己德，德则不冒，冒则物必失其性也。这样的义明可以使君臣关系亲，这种亲密的关系，谓之忠。我们在这四篇，特别是《胠箧》《在宥》二篇中所看到思想流派的相互关系是：一方面是《庄》学与《老》学的汇流，一方面是《庄》学对儒家仁义思想的激烈批判。由《缮性》篇发端的对于儒家概念的改造，在《杂篇》开头两篇对诚这一概念的改造中获得了成功。
这两点对《大宗师》《应帝王》以及《外篇》之批判尧、舜与治世的一些寓言都产生了深刻的影响。不过，《逍遥游》篇在与儒家思想的对立上，只是发端，并没有展开。他还特别注重道德实践，不仅自己身体力行，还以巨大的人格感召力建立了遍及大江南北的道德教化组织——道德学社，在民间弘道兴儒，产生了广泛的社会影响。
关于上帝与无极、太极的关系：他说：上帝者，无极之先也。这就回归到了传统儒家神道设教的理路。尊亲者何？尊亲孔子之人道主义也。万教者，为道德之寄宿。
这就说明儒家神道设教仍然有其现代意义，主要是保全中人以下人格，以挽回世道，救正人心，平治天下。故上帝为无极之始，无极为太极之静，太极为无极之动。
圣贤仙佛以道立教，教化大众。玉皇者，为天上诸神之精，为地下圣贤仙佛之主，世人尊称为玉皇大天尊，非上帝也。明道然后信教，则百变不离乎其宗。我中华迄今，何以无一人言及上帝耶？答：中国唐虞三代，尊称上帝者不少，如虞舜之肆类于上帝，大禹之昭事上帝……何言无人称上帝耶？其他耶、回诸教，尊称上帝，皆是后学，盖我中华古昔圣贤，具先知先觉之道者，曾先言之，而实行之，成书具在，可覆按也。
这个天地亦有个上帝，这个上帝有地所，即至圣所言之为政以德，譬如北辰，居其所而众星共之之北辰，为这个天地之机纽主人翁，主宰这个天地之上帝，释迦所言之三千大千世界都由他主持。在这样的背景下，段正元对20世纪初中国革命主流、斗争哲学而导致的社会状况和道德信仰缺乏极为忧心，他说：何以堂堂礼义之中华，不知实行固有道德，而反崇拜皮毛之物质，忘却根本之精神，废弃伦常，打破廉耻，以致家庭革命，父子革命，夫妇革命，将人生幸福，满盘推倒，国家社会，造成万恶世界。无论天地之中，天地之外，诸天诸地上帝俱在，固非一物之上帝，实万物之上帝。盖上帝者，道之体，道之元，亦道之母也。
第二个就是我们这个天地的上帝，即孔子所说的北辰，主宰这个天地，包括佛教所说的三千大千世界都由他主持，也就是上面所说的太极上帝。问：真上帝究竟是谁？ 答：真上帝者，语大体现莫能载，语小天下莫能破，天之性也，人物之生命也。
他说：人禀上帝降衷之恒性，虽处天地之中，实可充塞天地，并可以超出天地之外，以位天地。太上生于中土，以天道立教，所以教归化也。
在这个基础上，他试图让中国古代上帝回归现代社会，借以整合中国文化内部的儒道佛三教以及晚来的基督教，把是否以上帝为依归看成是辨别宗教与非宗教的标准。知天地有三个主宰，才知天地之所以成，天地之所依归。上帝是创造天地万物的真主宰，无中生有，至尊无上，主宰无二，永无对待，无实无虚，莫载莫破，至神至妙。有学生问：中国称上帝，外国亦称上帝，不知万国九洲，普天之下，究有若干上帝？段正元回答道：同此天地，即同此上帝。阴阳在其中，至道亦在其中，静而为天地之性根，人物之主宰。总之，昭事上帝之道，对于一切有德于人，有功于世者，莫不当敬。
所以万教归一其实是万教归儒，这是他的思想归宿与坚定信念。上帝是天地万物的主宰，但须知上帝有三：第一个是老子所说的道，是无为而无不为的万万个天地之主宰，也就是上面所说的无极上帝。
他认为上帝生人而爱人，又生万物以养育人。无论天地之中，天地之外，诸天诸地，上帝俱在。
上帝之大功大德，可谓圆满而无憾也，而其责胥在乎师。现今为什么要神道设教？因为晚近之人，非圣无法，一由中人以上之人，不知以道德存心，对于鬼神，不明真正敬祀之道。
当耶稣纪元五百年前，上帝降生孔子，昌明儒教，发明大同学说，迄今两千余年，万国交通，与时俱进，人道主义，待人而行。浅而愚夫愚妇，一时不可离，及其至也，圣人有所不知。祖宗父母，代上帝生育教养，是敬祖宗父母，即敬上帝也。这里神道实即天道，是从信仰的意义上的天道，因此也可以说就是天之神道，表现为日月相推、星辰运行、四季循环等天道自然秩序。
宇宙中有上帝，则万物不紊，万物无上帝，则一本不生。至宋儒更多地讨论天、道、理、性、命，即使讨论上帝、鬼神，也多凸显哲学理性解释，这样上帝隐遁了。
圣道者，下学上达，如兜天之罗帕也，能大能小，能刚能柔，包罗天地，曲成万物，故不可离也。问：道即上帝耶？答：无道则无上帝，无上帝亦无道。
上帝能与人之性，而不能正人之性，咸使有善而无恶，乃作之师以正之，即不啻上帝正之。《书》曰：天佑下民，作之君，作之师。
所以然者，以其集大成于先，折中天道物性人性于至当，故其效用于世也。吾人所以奉至圣为师表，兢兢业业，不敢有一念不敬之心者，职是故也。又如穆罕默德，讲认真敬事，发认真之心，即为道。自然中何以能头头是道，其中实有玄之又玄，妙之又妙的真主宰。
圣贤仙佛，代上帝立言宣化，是敬圣贤仙佛，即敬上帝也。有了第三个上帝，故万物生生不已。
他引《中庸》修道之谓教来进一步说明教出于道，并进一步分析了道一而教不同的原因：盖以古今时代之变迁，天下国家之殊域，众生习性之不一，上帝乃因时因地而生圣人，圣人即因时因地因人而立教义。段正元认为，师是上帝在人间的代表，有道之师即是上帝。
师道之严，师位之尊如此。祖宗父母，生育教养，和谐家庭。